Masjid Kaunas terletak di Totoriu, 6, Kaunas, Lithuania. Kota ini merupakan kota terbesar kedua di Lithuania, setelah Vilnius yang menjadi ibukota negara saat ini. Kota ini memiliki luas 157 km persegi, dengan jumlah penduduk mencapai 321 ribu jiwa. Ada dua sungai yang melewati Kota Kaunas, yaitu sungai Nemunas dan Neris yang menjadi saksi bisu insiden berdarah yang terjadi di kota tersebut.
Sejarah kelam Kota Kaunas dimulai pada saat negara tersebut menjadi wilayah Negara Commonwealth Polandia dan Lithuanian (negara persemakmuran Lithuania dan Polandia), namun akhirnya kota Kaunas manjadi bagian dari Kekaisaran Rusia.
Pelaku kekejaman berdarah di kota Kaunas adalah pasukan Napoleon yang berasal dari Perancis, Penyerbuan dilakukan sebanyak 2 kali, dengan jalur melewati Kota Kaunas. 2 kali kota kaunas ini mengalami kehancuran total yang merenggut ratusan bahkan ribuan nyawa.
Di Kota Kaunas sudah terdapat komunitas kecil umat Islam yang berasa dari kaum muslimin Tatar sejak beberapa abad lalu. Komunitas kaum Tatar tersebut kemudian membanung sebuah masjid bernama “Kaunas” sesuai dengan kota didirikannya. Lokasinya tepat di pusat kota, disamping taman Ramybes Park, dan diapit oleh dua ruas jalan yaitu Jalan Traku dan Jalan Vytautas.
Dari beberapa masjid tua yang berada di Negara Lithuania, hanya masjid Kaunas saja yang berbentuk seperti masjid pada umumnya, berbahan beton dan mempunyai desain masjid sesungguhnya. Sedangkan lainnya hanya berbentuk seperti hunian rumah maupun seperti gereja dengan berbahan baku kayu.
Biaya pembangunan masjid ini sebagian besar diberikan oleh pemerintah Luthiania, karena pemerintah sangat menghargai kaum muslim Tartar yang sebelumnya pernah membantu mereka dalam peperangan.
Pembangunan masjid ini dilakukan pada tahun 1930, dan bertepatan dengan peringatan 500 tahun wafatnya Raja Vytautas, Raja Terbesar Lithuania. Pada saat itu, pemerintah Lithuania mengadakan beberapa acara yang dimaksudkan untuk memeriahkan peringatan tersebut, kemudian masyarakat muslim Tatar mengajukan pembanguan masjid dan mendapatkan persetujuan serta bantuan dari pihak pemerintah.
Sebelum memiliki masjid Kaunas, masyarakat muslim Tatar melakukan seluruh ibadahnya di gedung komunitas yang dibangun oleh Haji Alexander Ilyasevich.
Setelah mendapatkan izin dan sebagian besar dana berasal dari pemerintah, sedangkan sisanya berasal dari dana bersama, pembangunan masjid pun dilaksanakan. Proyek pembangunan masjid tersebut ditangani oleh arsitek bernama Adolfas Netyksa dan temannya Vaclovas Michnevicus.
Proses pembangunan pun berjalan selama 3 tahun lamanya, kemudian diresmikan pada tanggal 15 Juli 1933 dengan nama “Vytautas Didysis Mosque”.
Arsitektur yang diadopsi adalah arsitektur masjid Tatar, serta masjid Arab namun dengan ukuran yang tidak terlalu besar, karena populasi muslim disana memang masih sangat sedikit.
Bangunan luar masjid memang lebih mencolok dan berbeda dengan masjid-masjid tua lainnya yang berada di Lithuania. Dengan bentuk kubah utama setengah lingkaran yang lumayan besar, diapit oleh 4 kubah kecil di setiap penjurunya membuat masjid ini menjadi masjid pertama dengan kubah masjid asli.
Mihrab pun dibuat di sisi kiblat masjid, dengan ruangan kecil yang sisi-sisinya terbuat dari kayu, sedangkan disampingnya diletakkan mimbar kayu dengan kubah kecil diatas, serta ornamen bulan sabit, serta beberapa kaligrafi.
Kemudian ruang sholat utama untuk pria memiliki ukuran sebesar 90 meter persegi, sedangkan ruang sholat untuk wanita memiliki luas 45 meter persegi. Selain itu, ada beberapa fasilitas yang diberikan masjid, misalnya ruang pengurusan jenazah dan ruang peralatan masjid.
Masjid ini dihiasi dengan total cat warna putih pada bagian utama serta pada bagian menara, ditambah dengan cat biru laut pada bagian kubah-kubah kecil yang mengelilingi kubah utama.